El Proyecto Educativo Institucional del Colegio San Sebastián de Batuco es el instrumento orientador de toda la gestión educativa del establecimiento. Se sustenta en un modelo pedagógico sociocognitivo, centrado en el aprendizaje significativo y en el desarrollo del pensamiento de los estudiantes.

El PEI promueve de manera transversal los valores de amor, respeto, justicia y solidaridad, fortaleciendo una convivencia escolar sana, el deporte, la vida saludable y el cuidado del medio ambiente.
A través de este proyecto, la comunidad educativa se compromete a formar personas íntegras, autónomas y participativas, capaces de convivir de manera democrática, resolver conflictos de forma pacífica y contribuir positivamente a la sociedad